หนังสือคำให้การชาวกรุงเก่าได้กล่าวถึงพระสุพรรณกัลยาต่อไปว่า เมื่อไปถึงหงสาวดีแล้วพระเจ้าหงสาวดีได้ตั้งให้เป็นพระมเหสีและได้ประสูติราชธิดาหนึ่งองค์ ในตอนที่สมเด็จพระนเรศวรจะเสด็จหนีกลับจากกรุงหงสาวดีนั้นได้เสด็จเข้าไปเฝ้าพระพี่นางแจ้งความที่จะเสด็จหนีกลับกรุงศีอยุธยาด้วย พระสุพรรณกัลยาได้ตรัสตอบว่า “ บัดนี้พี่มีบุตรด้วยพระเจ้ากรุงหงสาวดีแล้ว จะหนีไปอย่างไรได้ พ่อจงกลับไปเถิด ” ตรัสแล้วจึงอวยชัยให้พรว่า “ ขอให้น้องเราไปโดยสิริสวัสดิ์ อย่าให้ศัตรูหมู่ปัจจามิตรย่ำยีได้ แม้ใครจะคิดร้ายก็ขอให้พ่ายแพ้แก่เจ้า เจ้าจงมีชัยชนะแก่ข้าศึกศัตรูกู้บ้านกู้เมืองคืนได้ดังปรารถนาเทอญ ” พระนเรศวรได้ฟังดังนั้นแกล้งตรัสตอบเป็นที่ล้อพระพี่นางเธอว่า “ รักผัวมากกว่าญาติ ” แล้วก็ทูลลากลับมาสู่ที่ตำหนักชักชวนมหาดเล็กที่สนิทไว้เนื้อเชื่อใจและมีฝีมือเข้มแข็งได้หกสิบคน แล้วก็ถอยหนีออกจากเมืองหงสาวดี
เมื่อสมเด็จพระนเรศวรหนีออกจากกรุงหงสาวดี ทางพม่าก็ให้พระมหาอุปราชยกกองทัพติดตามมาถึงเมืองสุพรรณบุรี ได้ต่อสู้กันพม่าพ่ายแพ้ยับเยิน พระมหาอุปราชสิ้นพระชนม์ในสนามรบ กองทัพพม่าแตกพ่ายกลับไป พระเจ้ากรุงหงสาวดีทรงพระพิโรธต่อเหตุการณ์ในครั้งนั้นมากรับสั่งให้เอาแม่ทัพนายกองที่แพ้กลับมาในครั้งนั้นใส่คาย่างไฟให้ตายสิ้นแต่ก็ยังไม่คลายพิโรธ ได้เสด็จไปสู่ตำหนักพระสุพรรณกัลยาเอาพระแสงดาบฟันพระสุพรรณกัลยากับพระราชธิดาสิ้นพระชนม์ทั้งสองพระองค์ ในหนังสือคำให้การขุนหลวงหาวัดกล่าวถึงเรื่องการเสด็จหนีกลับของสมเด็จพระนเรศวรไว้คล้ายคลึงกัน ต่างกันเฉพาะเรื่องที่มีพระราชธิดากับพระเจ้าหงสาวดีเป็นพระราชโอรสมิใช่พระราชธิดา “ พระเจ้าหงสาวดีก็ทรงพระโกรธยิ่งนักก็เสด็จเข้าไปในพระราชฐานจึงเห็นองค์พระพี่นางพระนเรศวร์นั้นประทมอยู่ให้พระราชโอรสเสวยนมอยู่ในพระที่ พระเจ้ากรุงหงสาวดีจึงฟันด้วยพระแสงก็ถูกทั้งพระมารดา และพระราชโอรสทั้งสองพระองค์ถึงแก่พิราลัยไปด้วยกัน”
จากเอกสารคำให้การทั้งสองเล่มนี้ ต่อมาทางจังหวัดพิษณุโลกได้นำเอาพระราชประวัติสมเด็จพระนเรศวรตอนเสด็จประทับที่หงสาวดีซึ่งเกี่ยวพันกับพระพี่นางสุพรรณกัลยามาแสดงเป็นละครใหญ่ในงานประจำเมืองของจังหวัดพิษณุโลกอยู่เสมอทำให้ชื่อพระพี่นางเป็นที่เคารพชื่นชมว่าเป็นผู้ที่เสียสละเพื่อประเทศชาติแม้นพระชนม์ชีพของพระองค์ที่ถูกสังหารอันเนื่องจากการกู้เอกราชของสมเด็จพระนเรศวรราชอนุชา
สถานที่สักการะ
พระอนุสาวรีย์ พระสุพรรณกัลยาณี ณ ค่ายสมเด็จพระนเรศวรมหาราช (กองทัพภาคที่ 3) อำเมือง จังหวัดพิษณุโลก
พระบรมรูป พระสุพรรณกัลยา สมเด็จพระนเรศวรมหาราช และสมเด็จพระเอกาทศรถ ณ วัดลาดสิงห์ ตำบลบ้านสระ อ.สามชุม จ.สุพรรณบุรี
พระรูป ณ พระตำหนักสมเด็จพระนะรศวรมหาราช วัดดอนเจดีย์ อ.ดอนเจดีย์ จ.สุพรรณบุรี
พระเจดีย์ ณ วัดบ้านน้ำฮู อ.ปาย จ.แม่ฮ่องสอน ที่เชื่อกันว่า สมเด็จพระนเรศวรมหาราช ทรงสร้างถวายพระสุพรรณกัลยา และภายในพระเจดีย์ ได้บรรจุเส้นพระเกษาของพระพี่นางฯไว้ด้วย